【醫學與健康科技創新工程進展快報 第42期】
病原生物學研究所衛生部病原系統生物學重點實驗室在病原菌毒力因子數據庫研究方面取得新進展，相關研究成果近日在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表，題為《VFDB2019：帶有交互式web界面的比較病原基因組平臺》（VFDB 2019：a comparative pathogenomic platform with an interactive web interface）的文章。
毒力因子是病原體所編碼的能夠促使其在宿主環境中定植、繁殖和致病的基因產物的統稱。病原菌毒力因子數據庫（簡稱VFDB，http://www.mgc.ac.cn/VFs/）由病原所重點實驗室建立并長期維護。經過十多年的持續建設和發展，VFDB已經成為國際上最大的病原菌毒力因子資源中心，被國內外同行廣泛使用。目前，每年約有來自170 多個國家和地區的十萬余名用戶訪問VFDB數據庫，總點擊次數超過兩百萬次。
近年來新一代測序技術帶來的生物大數據對病原菌毒力因子相關的數據分析提出了新的挑戰。為了滿足日益增長的大數據分析需求，病原所重點實驗室首先于2016年完成了對VFDB基礎數據的分層整合與優化完善（Nucleic Acids Res. 44:D694），近期又自主設計開發了全新的病原菌毒力因子在線分析系統VF analyzer。該系統首先通過直系同源蛋白的識別避免了由旁系同源帶來的假陽性；然后利用VFDB的分層數據集進行循環迭代式的相似性檢索，從而顯著提高了毒力因子識別的靈敏度和特異性；并且設計開發了基于基因簇位置信息的毒力因子識別優化算法，使得自動分析系統VF analyzer達到了毒力因子識別準確率接近人工分析的水平。該分析系統一經推出，立刻受到了國內外相關領域研究人員的廣泛關注。截至目前，系統在線運行不到四個月，已經完成了來自全球的超過一千株病原菌基因組的毒力因子分析任務。
該研究得到中國醫學科學院醫學與健康科技創新工程（2017-I2M-3-017）以及國家重點研發計劃等項目的支持。論文第一作者為博士研究生劉博，通訊作者為楊劍研究員。
論文鏈接： https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gky1080/5160975
(病原生物學研究所)
